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Germen término genérico que se utiliza para designar de forma imprecisa cualquier agente patógeno muy pequeño. El término se aplica a organismos productores de enfermedades, como las bacterias, los protozoos y los hongos, y a agentes patógenos de clasificación incierta, como las rickettsias y los virus.

El término germen comenzó a ser muy utilizado después del desarrollo, en el siglo XIX, de la teoría del germen de la enfermedad. Desde entonces, los científicos empezaron a emplear el nombre técnico específico de cada microorganismo.

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